1945年(民國34年)中日戰爭結束，邵生芳所在的忠義救國軍奉命改編，他進到交通警察總隊第1總隊第1大隊，分配到守衛浙贛鐵路在江西省鷹潭到貴溪的那一段鐵路與沿途的車站。

鷹潭隸屬其東邊的貴溪縣，從1941年(民國30年)開始成為浙贛鐵路的終點站，因而那時候機關林立、商業繁盛，從廣東海口北上的大宗物資多在此地轉運，接著分送到東南、西南各省。然而1942年(民國31年)日軍入侵江西省東部，鷹潭遭到日軍航空隊焚燬，到1947年(民國36年)5月時仍未全部恢復。

邵生芳在內戰時分到的交通警察總隊，1946年(民國35年)2月7日，國府成立交通部警察總局，並將屬於軍統局的忠義救國軍、別動軍與中美合作所的各訓練班、教導營改編成十八個交通警察總隊。成立初期的夏服經費由軍政部撥款，其餘薪資、伙食、服裝、油料、耗材經費都歸交通部負責。

交通警察總隊任務是警備交通與礦區，然而內戰爆發後大部份被調去戰區協助剿匪，導致守備交通網路的兵力嚴重不足。不過整個內戰期間，邵生芳幸運地沒有上前線，即便在1947年(民國36年)改編到交警第2總隊第3大隊，也一直在鷹潭與貴溪間的鐵路與車站中巡守，直到1949年(民國38年)跟隨部隊南撤來到臺灣為止。