芝原玄超出生在日本滋賀縣的一個淨土真宗本願寺派（俗稱西本願寺）的寺廟，代代都是這個名叫勝專寺的住持。在20多歲時，曾經參加過日俄戰爭，到過大陸的北方，也就是後來成為滿洲國的異地。40多歲開始他的海外佈教生涯，42歲在庫頁島，47歲在臺灣，51歲擔任1大陸北方的佈教總監。在這一些海外佈教地，尤其以臺灣的任期最長，從西元1927年到西元1935年的年底，一共是9年。換言之，在日本領臺50年的光陰裡，芝原玄超是擔任西本願寺臺灣別院最長的輪番。
在芝原玄超的期間，在硬體方面重建了臺灣別院的本堂（大殿），山門等等，在軟體方面則是力倡培育臺灣年輕人，讓他們到京都的西本願寺關聯學校留學，再回到臺灣來宣導淨土真宗本願寺派的教義。
在芝原玄超的任期裡，需要特筆的是他跟大谷光瑞和弟弟-大谷尊由的交好關係。不論是和日本人（內地人）抑或是臺灣人（本島人），善於溝通的芝原玄超都能拿捏的十分得當。但是也因為芝原玄超太親於臺灣當地的社會，引起本山的關注，就在他重建好臺灣別院，舉辦了在臺的光瑞會的西元1935年底，轉任日本國內鹿兒島的輪番。
西元1945年在二戰結束時的8月30號，因去給過世信徒誦經時，染上了赤痢，醫療匱乏的時期裡，芝原玄超就滋賀縣的勝專寺撒手人寰了。
