早年馬祖作為戰地前線，人人都是儲備軍人，展現體能與戰技的運動會，可算是年度盛事，1958年馬祖地區首度出現運動會，是由馬祖守備區（馬防部前身）為慶祝青年節辦理的軍民聯合運動會。此種由駐軍主辦、地區民眾參與的運動會持續辦理到1989年。

根據連江縣志〈教育志〉記載，1989年時任馬防部司令官的葉競榮考量國防體育與民間運動畢竟有差別，加上在地選手數與軍隊代表比例太過懸殊，因此決定隔年改由連江縣政府主辦運動會。《今日馬祖》民國79年11月號第30期就記錄了這項首屆由連江縣主辦的運動盛事。

首屆地方主辦「馬祖地區79年全民自強運動會」在10月10日盛大展開，報導指出，與會者包含馬防部司令官兼大會會長葉競榮、連江縣長兼大會主委林德政、農委會技正陳嘉吉、陳毓中、眾多地方人士，以及北竿鄉、莒光鄉、南竿鄉、馬祖高中、敬恆國中、介壽國中、中正國中等學校師生數百人。