溪南國小的前身是1922年(日治時期大正11年)創立的埔里公學校生蕃空分教場。1927年(昭和2年)改名為埔里公學校溪南分教場,1940年(昭和15年)改名為溪南公學校。1968年(戰後民國57年)改稱為溪南國民小學。1999年(民國88年)921地震,造成北棟大樓教室12間、廁所2間、樓梯2座倒塌。11月1日組合屋教室完工啟用。災後由教育部撥經費2,193.8萬元進行校舍重建,由林景源建築師事務所監造、裕建營造股份有限公司承包施工。2001年(民國90年)4月16日開工,同年(2001年)10月31日完工,包括教室11間、廁所4間、樓梯2座。2003年(民國92年)3月31日校園重建完成後,將組合屋教室拆除。
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