白海豚，因為常於媽祖誕辰前後現身台灣沿海，因此在台灣被稱為「媽祖魚」。台灣的白海豚大約分布在苗栗縣龍鳳漁港，到台南北邊將軍港間，生活在水深30公尺、距離岸邊6公里以內的沿海水域，因為靠近人類活動區域，因而面臨棲地消失、水下噪音、淡水流量減少及污染，和遭到漁業誤捕的生存威脅。民國97（2008）年國際自然保育聯盟IUCN已經將台灣的白海豚，列入極度瀕危的最高保育等級。台大生態學與演化生物學研究所教授周蓮香調查，從民國97（2008）年到民國105（2016）年的迴歸曲線分布來看，台灣的白海豚族群數量趨勢是每年少1隻，但保守估計是每7到10年死亡一隻才算平穩。

台灣第一座在苗栗竹南的離岸示範風場，民國106（2017）年2月已併聯發電。但政府保育白海豚的措施尚未啟動，離岸風場的打椿、施工船隻往來和數百架風機營運的噪音，可能會導致鯨豚聽力損傷、干擾牠的行為，讓牠拋棄生活的棲地，也可能遮蓋鯨豚之間回聲定位的溝通、繁殖和獵食，長期噪音對於生理、免疫也有負面影響。從香港填海造陸的研究案例來看，只有填海工程和工程船的干擾，沒有打樁的衝擊性噪音，白海豚就已經退到10公里之外的珠江口，而台灣的白海豚則是無處可躲。