中港溪是貫穿苗栗縣北部的溪流，其流域內的漁業分為海洋漁業與養殖漁業。海洋漁業位於竹南鎮濱海，以沿岸漁業為主；養殖魚業則分布在竹南、三灣、南庄三個鄉鎮。竹南鎮濱海的沿岸漁業發展於日治時期，大正14（1925）年竹南庄漁業組合創立，並設立中港魚市場。昭和19（1944）年漁業組合和魚市場合併，改稱竹南街漁業會。二戰時期漁船被征召軍用，漁業停擺。戰後，政府將原竹南街漁業會指導部門改立成漁會，漁業會經濟部門改立為漁業生產合作社，民國39（1950）年將以上兩者合併成竹南區漁會，民國70（1981）年再與後龍鎮的後龍區漁會合併，稱作後龍區漁會，隔年改稱為南龍區漁會，於竹南鎮龍鳳漁港設有辦事處。中港溪流域內的漁港有第三類漁港龍鳳漁港，第四類漁港青草漁港、塭仔頭漁港，共三處漁港。

中港溪流域的養殖漁業皆為淡水養殖，1970年代鰻魚外銷盛極一時，竹南鎮也成立鰻魚生產合作社，另外中港溪還有饕客喜愛的香魚。但因工業興起，廢水汙染使得養殖漁業沒落。近年來由於觀光產業興起，南庄鄉開始利用中港溪上游的高冷溪水發展鱒魚養殖，以饗遊客。