後龍溪是苗栗境內最主要河川，流經泰安、大湖、獅潭、公館、銅鑼、苗栗、頭屋、後龍等8個苗栗主要鄉鎮市。針對後龍溪流域的史前文化所做的考古挖掘較少，然後龍溪中上游地區因較下游少人為活動干擾，遺址挖掘阻力也相對小，因此中上游考古遺址比下游地區完整且數量較多。另外，也因後龍溪中上游和大安溪上游地理位置鄰近，故兩者常合併研究。

目前後龍溪已挖掘的遺址中，較重要的分別有：後龍溪的腦寮庄、大坪頂、出火、南勢山、砂埔鹿、繫牛坪、龍山、司馬限；大安溪支流景山溪的伯公壟、壢西坪、三櫃坑、五櫃坪、六份坪；以及大安溪的Salats、雪山坑、士林、大安、永安等遺址群。上述遺址可歸類為舊石器時代晚期的網形文化，新石器時代中期的紅毛港系統，新石器時代晚期的五櫃坪／二本松系統，金屬器與金石並用時代的砂埔鹿系統，與史前文化最晚期的士林系統。據劉益昌教授的研究，二本松系統可能是賽夏族祖先活動的遺跡。劉教授還發現，砂埔鹿系統與後龍底系統相近，應歸屬於同一個文化範疇內，因後龍底與新港類型之間可能有前後傳承之關係，而新港類型一般認為是世居苗栗丘陵西側以及沿海平原的道卡斯族所遺留。另根據舊社位置和口傳歷史，士林系統可能是泰雅族人的舊社與耕作地。