在第二次世界大戰中，臺灣作為日本軍事行動的重要命脈與南進跳板，在昭和18（1943）年至昭和20（1945）年8月15日天皇宣布投降期間，屢遭盟軍空襲。一開始轟炸零星、多半在夜間，後期則轉為全面、持續性空襲。除了港口、城市、軍事地、工業設施外，鐵路運輸設施也往往成為主要的轟炸目標，苗栗車站便在這樣的背景下，於1943年遭到空襲毀損。

臺灣鐵路受美軍轟炸影響劇烈，不僅是車站，就連鐵軌、行駛列車也常常成為攻擊目標，為減低被轟炸風險，當時鐵道經山線旅客列車縮減為每日僅往返5班，海線往返僅存3班。有時鐵路設備未必是空襲目標、但仍受空襲影響。昭和20（1945）年5月26日，美軍B-25戰鬥機在轟炸苗栗製油所的任務中被日軍擊中，墜落而在苗栗車站前爆炸。