舊山線沿途除了種類豐富的原生植物，還有不少歸化植物，他們經由人類有意無意間的移動，離開原生地至此，超越地理障礙後在此順利完成生活史。舊山線鐵道沿線常見的歸化植物有大花咸豐草、蓬萊竹、桂竹、千年桐等。

大花咸豐草在1980年代由養蜂業傳入臺灣，族群擴大迅速，現已成為台灣隨處可見的草本植物。由越南引進的蓬萊竹，長期下來已馴化，由於其筍味道甘美，過去漢人常冒著性命危險越番界採集，又稱為殺頭筍，鐵路沿線常見，部分路段甚至成片生長。鐵路沿線也分佈不少桂竹，他們原產於中國，在人造竹園因竹價下跌沒落後，逐漸轉為野生之姿。千年桐是因其經濟價值自中國引入，早期人們收集其種子榨成桐油，桐油產業沒落後改取其段木栽種香菇或木耳，而今四五月份油桐花開景象，再度成為鐵路沿線重要的地方資源，吸引遊客至此賞花，雪白花形甚至凝聚為客家文化的象徵。