五櫃坪遺址位於三義鄉鯉魚潭村之上山下聚落東方、三櫃聚落北方的緩坡台地上，縱貫鐵路舊山線從其西側穿過，此地也是早期鯉魚潭聚落漢人種植相思樹和香矛，以及巴宰族人打獵的地方。此遺址在調查時並未發現密集的文化層，僅在地表發現有部份遺物嵌於地層中，在水庫施工時亦僅見到一部份石器、陶器嵌在地層中。從與附近遺址的遺物類型比較推測，此遺址年代大約在距今3000年以內，較鄰近的三櫃坑遺址還要稍晚一點。不過本遺址後來受到水庫興建取土的重大影響，遺址所在相當大部份表層土壤被挖除，因此連帶影響埋藏在地層中的文化遺物也隨之破壞殆盡。