鯉魚潭教會，同治10（1871）年底由巴宰族人所建立，也是現今鯉魚潭村民的信仰中心。對於19世紀末期處於動盪之中的鯉魚潭地區來說，宗教帶給村民們一股撫慰人心的力量，可能基於此原因，當鄰近關係密切的大社建立基督教會以後，基督教信仰也同時引進鯉魚潭地區。
教會最初被稱為內社（Taba）長老教會，由李庥、甘為霖、施大闢、巴克禮、塗為霖、宋忠堅、梅監務及廉徳烈等蘇格蘭長老教會為主的宣教師進行發展工作。該教會原屬南部英國長老教會教區，明治44（1911）年南北議定教界的決定中，被割讓給北部加拿大長老教會教區，而後改稱為鯉魚潭教會。
教會禮拜堂最初興建於當時鯉魚潭村民共同居住的下城中央，歷經六次的搬遷與九次的重修建（含牧師館），已從土角壁的茅草屋演進到磚塊水泥牆，現址也遷移至上山下聚落。多次的修建工程，都是在經濟極度艱困之中，族人以工代賑、發揮團結合作的精神完成，也才成就今日能夠讓族人安心聚集以及敬拜的場所。
