由於苗栗縣賽夏族與道卡斯族之間來往頻繁，賽夏族並非一開始就被學者認定是一個族群，反而被認為是道卡斯族的分支。日本學者伊能嘉矩在明治42（1899）發表《台灣蕃人事情》，基於在苗栗縣新社道卡斯部落採集到的一段歌謠，推論賽夏族係屬於道卡斯族，也因此日本政府在最初分類的九族之中並無賽夏族。此歌謠敘述鄭成功來到新社試圖以武力征服居民，造成傷亡無數，而部分不願妥協的原住民則逃往山中，歌謠中敘述的一群人即是現今苗栗縣獅潭鄉的賽夏族人。

直到明治44（1911）年，台灣總督府蕃務本署才將賽夏族重新歸類為一個獨立的族群，然而當時仍有許多學者認為賽夏族屬於道卡斯族的分支，係屬於平埔族。大正2（1913）年，森丑之助提出賽夏族是「化番」，是介於生番與熟番之間的一個群體，屬於平埔族中的一個分支。一直到1930年代，越來越多學者比較兩族的語言、文化與風俗，賽夏族才開始被釐清為獨立一族。在賽夏族被普遍認定是獨立的一族之後，日本人便將賽夏族的歸類從平埔族改為高砂族。國民政府來台之初將台灣的原住民分為「山地山胞」以及「平地山胞」，造成當時苗栗縣與新竹縣兩地的賽夏族硬是被分為山地與平地的錯誤，而如今學術上以南群、北群區分之。