商品行政規費，是戰地政務期間變相的「加稅」，許多商人有怨言，卻又無可奈何。 何謂商品行政規費？就是在進口商品加收費用，這種收費稱為規費。戰地政務實施初期，政府預算短缺，高層便想出加收商品規費做法，且由政務委員會執行，流程如下:商人在台灣購買商品後，必須填寫明細表，經過商業會審查，再由專人到政委會申請，待商船抵達時，商人拿着核准單再會同聯檢人員，在碼頭上一一核對商品，確定無誤後，才能把商品運走，因此每逢商船前來，碼頭或澳口總是擠滿了人潮，貨運卡車、搬運工人、商人和聯檢官員，交織成熱鬧畫面，那是商業繁榮的指標。政委會精簡後，由稅捐稽徵所接手，繼續辦理，並且把業務擴展到各島，不過作業方式改變很多。 照理說所有商品出廠時候，企業已經繳納稅金，馬祖卻要另加行政規費，是否合法？那個時候實施戰地政務，軍方說了算，商人不滿也無處申訴。當時馬祖物價高過台灣至少兩成，除了運費和商人利潤，行政規費也是因素。