林木連先生於1988年(民國77年)至茶業改良場任職副研究員兼茶作課長，1996年(民國85年)至2001年(民國90年)受林俊義所長邀請至農業試驗所化學系擔任研究員兼主任；2001年(民國90年)11月返回茶業改良場擔任場長職務。

林木連先生任內歷經政黨輪替，資訊爆炸，消費者保護意識抬頭，兩岸融冰及貿易自由化等重大環境變遷。而臺茶產業在進入入超時代後產銷面臨重新洗牌局面。農業輔導政策改弦更張，朝向發展安全、優質、生態、休閒及健康產業。本場在渡過改制風暴後，各項研發重點重新布局調整。任內除陸續推出具品種權適製部分發酵茶之臺茶十九、二十號，及適製紅茶之臺茶二十一號新品種外，在網站上建置專家系統引領茶產業邁向知識管理領域。為應業界及消費者食品安全需求，擴大凍頂工作站檢測能量，並於南投縣名間鄉增設南投農藥檢驗站，加強農藥檢驗輔導業務，同時積極輔導產銷履歷、產地證明及有機認證。在國際交流方面，任內率團參加兩岸茶業學術研討會，及與巴布亞紐幾內亞、以色列、日本、韓國、越南、泰國及史瓦濟蘭等國建立合作管道，對加速臺茶產業朝向國際精品化發展頗具助益。任內積極推廣茶業知識，主持編纂多本茶葉專書，並於2003年(民國92年)茶業改良場百週年慶辦理3場專項研討會及出版4種專刊。