馬祖列島狹小高聳，天雨逕流大海，地水難以貯存，水資源嚴重匱乏，其開發以傳統水源為主。歷來探勘研擬之水源，包括地下水、地面湖庫水、海水淡化等類。 舊時僅利用水井，原有103口。1961年，開始試辦津沙村蓄水池。1966年（民國55年）邀請臺灣省水利局壩工隊來馬勘察規劃完成八個水壩設計圖案。 1973年（民國62年）起，在農復會及國防部補助經費下，開始於澳口修堤築壩，山溝下游興建集水塘，以利用地面水源，或開鑿淺井或寬口井使用地下水源。1982年（民國71年），連江縣自來水廠設廠，初期僅供應南竿。是年9月，成立北竿供水站。1985年（民國74年），成立莒光供水站。1992（民國82年），東引鄉自來水廠併入連江縣自來水廠，更名東引服務所。至是全縣四鄉五島，皆有自來水管線。 1983年（民國72年），供水普及率僅百分三十四點五。2002年（民國101年），供水普及率已達到百分九十七點九四。1997年（民國86年）4月起，開始興建南竿海水淡化廠，且擴及離島，以圖根本解決地區用水問題。至2002年止，連江縣建設水庫共十九座，其中南竿鄉建設八座，東引三座、北竿四座、莒光四座（西莒兩座、東莒兩座），並建設有南竿、北竿、東引、西莒四座海水淡化廠。