補庫是指燒庫寶、元寶金紙、供品以添補神明財庫的祭儀，而神境如人境，神明需要應酬驅除魔鬼，大約春夏之交舉行的補庫，也正是天氣變化，需要神明保佑不為瘴氣纏身的季節。

根據《馬祖文化事典》分析，補庫「海祭」接在「陸祭」之後舉行。進行時，執事者在海灘上陳列麵糊，村民則聽廣播將分配製作的明頭、齋囝和糍(或寫成「炊」)等包子裝在盆內並放在地上，由執事者插上線香，在廟神見證下，向老幼和缺牙的鬼魅與海上邪靈神異施食，會場嚴禁孩童靠近觀望。早年的做頭人會將黃布護符依序附到各家供品內，道士或做頭人輕聲念口訣、咒語，手捧著齋囝，從半空向海面撒出，把包子上燒餘的線香桿插在沙灘上，讓幽冥界的來者順路返回海上。進行陸祭和海祭時，有些村落會請道士在壇上施作術法，以保海境安寧。道士朗誦的經文一般為《請諸眾神醮》、《謝天地科》、《施食科》、《變食法》等，所持的吹角、搖鈴、板鼓、木魚等法器，均需要經過道士持咒禱誦，以達到村淨海清之效。部分的村落未聘請道士施法，僅從廟內請出神明香案設壇，備齊供品來祭祀。所焚冥紙為黃錢、白錢和冥衣，給四方邪煞收用。各式大綑紙箔抬到爐邊，烈火燃燒，一直燒到下午三、四點，整場儀式經廟神賜筊允後才可結束。此時村公所廣播各家領回祭品，居民將廟方發放的護符貼在家中門窗上，可保祐居家平靜、樂業安康。最後，執事者在境內四方界線安插廟神三角令旗，表示儀典圓滿。